Rapat Kepala Sekolah YKC Yogyakarta adalah kegiatan rutin yang dilakukan oleh YKC Yogyakarta setiap bulan. Tujuan kegiatan ini adalah untuk semakin meneguhkan para kepala sekolah agar semakin bersemangat dalam menjalani tugas pelayanannya. Selain itu kegiatan ini juga sekaligus memberikan informasi terkait perkembangan Yayasan setiap bulan. Adapun agenda dalam rapat ini ialah:
